| Dział naukowy |
| Zakład Biologii Wód im. Karola Starmacha |
| Zakład Bioróżnorodności |
| Zakład Geoochrony |
| Zakład Ochrony Ekosystemów |
| Zakład Ochrony Fauny |
| Zespół badawczy - Biologiczne konsekwencje zmian klimatu |
| Zespół badawczy - Ekologia integracyjna i stosowana |
| Zespół badawczy - Ekologia krajobrazu rolniczego i produkcji żywności |
| Zespół badawczy - Inwazje biologiczne |
| Inne jednostki |
| Biblioteka i Informacja Naukowa |
| Centrum Badań i Ochrony Roślin Górskich |
| Centrum Natura 2000 |
| Dział Wydawnictw Naukowych i Kolportażu |
| Administracja i księgowość |
| Dział Administracji i Obsługi |
| Dział Księgowości |