Historia
Historia Instytutu Ochrony Przyrody PAN w Krakowie sięga początków odrodzenia Państwa Polskiego po I wojnie światowej. W grudniu 1919 r. powołano Tymczasową Państwową Komisję Ochrony Przyrody, która od lutego 1920 r. działała pod przewodnictwem prof. Władysława Szafera - światowej sławy botanika. W 1925 r. Komisja została przekształcona w Państwową Radę Ochrony Przyrody, a zarazem Biuro Delegata Ministra Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego do Spraw Ochrony Przyrody. Jako takie działało do września 1939 r., oraz po II wojnie światowej w latach 1946-1949.
W 1949 r. Biuro przekształcone zostało w Komitet Ochrony Przyrody Polskiej Akademii Umiejętności, organizacyjnie podległy początkowo Ministerstwu Oświaty, a następnie jako placówka naukowa - Ministerstwu Szkolnictwa Wyższego. W grudniu 1952 r. Komitet przekształcił się w placówkę naukową, pod nazwą Zakład Ochrony Przyrody i od stycznia 1953 r. rozpoczął działalność jako jednostka badawcza Polskiej Akademii Nauk. Siedziba Zakładu mieściła się w Krakowie przy ul. Ariańskiej 1. Organizatorem i pierwszym kierownikiem Zakładu Ochrony Przyrody PAN (w latach 1952-1960) był prof. Władysław Szafer. Jeszcze przed utworzeniem Zakładu, dzięki inicjatywie i staraniom prof. Szafera oraz dr Zofii Radwańskiej-Paryskiej, w 1951 r. utworzono w Zakopanem, na Antałówce, Tatrzańską Stację Naukową wraz z górskim ogrodem botanicznym.
W Zakładzie macierzystym w Krakowie oraz w jego czterech oddziałach: Gdańsku, Katowicach, Lublinie i Poznaniu oraz Tatrzańskiej Stacji Naukowej prowadzono prace naukowo-badawcze o tematyce uwzględniającej zarówno teoretyczne zagadnienia ochrony przyrody, jak i problemy racjonalnej gospodarki zasobami przyrody żywej i nieożywionej, czystości powietrza, wody, rekultywacji terenów poprzemysłowych. Podjęto również intensywne prace dokumentacyjne dotyczące zwłaszcza parków narodowych, rezerwatów i pomników przyrody oraz prace bibliograficzne.
W marcu 1957 r. Prezydium PAN podjęło uchwałę o podniesieniu Zakładu Ochrony Przyrody PAN do rangi dużego samodzielnego Instytutu, ale uchwały tej nie zrealizowano. W 1962 r. oddziały terenowe Zakładu zostały rozwiązane. Po przejściu prof. Szafera na emeryturę, w 1960 r. kierownictwo Zakładu przejął doc. Bronisław Ferens, który pełnił tę funkcję do 1963 r. W następnych latach Zakładem kierowały: prof. Anna Medwecka-Kornaś (1963-1969) i doc. Jadwiga Gawłowska (1969-1970). W 1969 r. do Zakładu Ochrony Przyrody PAN przyłączono Zakład Gospodarki Górskiej PAN z dwiema stacjami terenowymi: Sudecką we Wrocławiu i Świętokrzyską w Kielcach.
Na przełomie lat 60. i 70. XX wieku, w ramach Międzynarodowego Programu Biologicznego (IBP), prowadzono w Zakładzie pionierskie w Polsce badania dotyczące struktury, funkcjonowania oraz produktywności i dynamiki ekosystemów. Kierowała nimi prof. Medwecka-Kornaś, która była zarazem koordynatorem IBP w ośrodku krakowskim i na południową Polskę. Nowatorski wtedy kierunek modelowania zjawisk populacyjnych rozwinął w Zakładzie doc. Adam Łomnicki.
Funkcję Kierownika Zakładu pełnił w latach 1970-1978 prof. Kazimierz Zabierowski, a Zakład koordynował problem resortowy PAN-21 pt. „Ochrona i kształtowanie przyrodniczego środowiska człowieka". Badania te, którymi kierował prof. Zabierowski, przyczyniły się do wprowadzenia w Polsce nowych kategorii ochrony - parków krajobrazowych i obszarów chronionego krajobrazu.
Prof. Roman Ney kierował Zakładem w latach 1978-1979. Zakład rozbudował się lokalowo, uzyskano pomieszczenia przy ul. Królowej Jadwigi 29, Smoleńsk 14 i Karmelickiej 14 - tam umieszczono bibliotekę. Rozwinięto wtedy kierunki badawcze w zakresie sozologii obszarów przemysłowych, dynamiki i ochrony powierzchni ziemi oraz rozszerzono badania interdyscyplinarne, geograficzno-glebowo-ekosystemowe, z uwzględnieniem takich zagadnień jak dynamika koryt rzecznych, sedymentologia i ich wpływ na przyrodę żywą. Kierował nimi prof. Kazimierz Klimek i doc. Janusz Dziewański. Zakład stał się placówką wysoce wyspecjalizowaną w dziedzinie szeroko pojętej ochrony przyrody żywej i nieożywionej, zwłaszcza ochrony gatunkowej i obszarowej w odniesieniu do całego zróżnicowania zasobów naturalnych i krajobrazu Polski.
W 1978 r. placówkę przemianowano na Zakład Ochrony Przyrody i Zasobów Naturalnych PAN. W 1979 r. kierownictwo Zakładu objął prof. Kazimierz Klimek, który pełnił tę funkcję do 1991 r.; a po nim prof. Zygmunt Denisiuk (1991-1993, później jako dyrektor Instytutu do 2002). W 1998 r. zlikwidowana została Świętokrzyska Stacja Terenowa w Kielcach. W 2004 r. do Instytutu został przyłączony Zakład Biologii Wód PAN im. Karola Starmacha.
W 1993 r. Zakład Ochrony Przyrody został przekształcony, decyzją Prezydium PAN a potem Prezesa Rady Ministrów, w Instytut Ochrony Przyrody PAN. W 1997 r. Instytut uzyskał uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora w dziedzinie nauki biologicznych, dyscyplinie biologia, i w tym samym roku Komitet Badań Naukowych przyznał fundusze na zakup budynku przeznaczonego na nową siedzibę Instytutu. Zakupiony przez Instytut budynek, przy al. Mickiewicza 33, po gruntownym remoncie i adaptacji pomieszczeń, pomieścił pod wspólnym dachem wszystkie jednostki organizacyjne, włącznie z biblioteką i czytelnią oraz dużą salą konferencyjną. Od 2000 r. stał się on nową siedzibą Instytutu.