C1 - gatunki zagrożone globalnie. Regularnie przebywa znacząca liczba osobników co najmniej jednego z gatunków zagrożonych w skali globalnej (SPEC 1) (w Polsce wodniczka Acrocephalus paludicola , derkacz Crex crex, podgorzałka Aythya nyroca, orlik grubodzioby Aquila clanga) lub gatunków, które mogą być zagrożone w najbliższej przyszłości (w Polsce bielik Haliaeetus albicilla, dubelt Gallinago media).

C2 - koncentracje gatunków zagrożonych w UE. „Gatunki zagrożone” to gatunki, podgatunki bądź populacje objęte załącznikiem 1 DP, dla których ochrony muszą być wyznaczane Obszary Sprcjalnek Ochrony, zgodnie z art. 4.1 tej Dyrektywy.
W przypadku niewielkiej liczby gatunków, których lęgowe populacje ogólno-europejskie są znacząco wyższe niż populacje w UE, przyjęto niższe progi ilościowe. Kryterium to można także stosować w przypadku gatunków, które wprawdzie występują w rozproszeniu, ale których lokalne populacje przekraczają próg 1% europejskiej populacji danego gatunku.

C3 - koncentracje gatunków wędrownych niezagrożonych w UE. Do tej grupy gatunków odnoszą się postanowienia art. 4.2 DP. Ogólnie rzecz biorąc są to gatunki wędrowne nie objęte załącznikiem 1 DP. „Wędrówka” jest tu zdefiniowana jako sezonowe, daleko dystansowe przemieszczenie między lęgowiskami, a zimowiskami. Przyjęcie tej definicji może prowadzić do odmiennego kwalifikowania tych samych gatunków w państwach położonych w różnych częściach Europy. Kryterium to obejmuje wetlandy o znaczeniu międzynarodowym (Konwencja Ramsarska, kryterium 6), jednakże te obszary ramsarskie, które mają chronić gatunki załącznika 1 DP, powinny być kwalifikowane zgodnie z kryterium C2.

C4 – gatunki stadne – duże koncentracje. Obszar, na którym regularnie występuje ≥20 000 ptaków wodno-błotnych lub ≥10 000 par co najmniej jednego gatunku ptaków morskich. Kryterium obejmuje wszystkie obszary wodno-błotne o znaczeniu międzynarodowym, zinwentaryzowane zgodnie z kryterium 5 Konwencji Ramsarskiej.

C5 – gatunki stadne – koncentracje przelotu. Obszar, na którym występują koncentracje przelotnych bocianów (≥5000), żurawi (≥3 000) lub ptaków drapieżnych (≥3 000). Ponieważ większość gatunków objętych tym kryterium jest ujęta w załączniku 1 DP, odnosi się ono przede wszystkim do ostoi wyznaczanych zgodnie z postanowieniami art. 4.1.

C6 – gatunki zagrożone w UE. „Gatunki zagrożone” w tym ujęciu, to gatunki, podgatunki i populacje wymienione w załączniku 1 do DP. „Region europejski” oznacza w zasadzie region NUTS (The Nomenclature of Territorial Units for Statistics), czyli jednostkę terytorialną Unii Europejskiej. W przypadku Polski za regiony NUTS zostały uznane województwa.

W zasadzie, w 1 regionie europejskim do ochrony 1 gatunku ptaków można wyznaczyć do 5 ostoi, zwiększając tę liczbę w wyjątkowych sytuacjach.

Jeżeli w określonym regionie europejskim istnieje dwa lub więcej obszarów zamieszkiwanych przez taką samą liczbę par lub osobników określonego gatunku, ranking tych obszarów ustala się zgodnie z liczbą gatunków załącznika 1, występujących w każdym z nich.

W zasadzie, stosując kryterium C6 bierze się pod uwagę ptaki lęgowe, lecz można tu ująć także te gatunki nie lęgowe, które nie są wystarczająco objęte innymi kryteriami, bowiem sieć OSO powinna pokryć ostojami cały zasięg występowania gatunku w UE.

Ostoje desygnowane na podstawie kryterium C6 powinny stanowić miejsce występowania znacznej (znaczącej w skali UE) liczby gatunków obejmowanych tym kryterium. Ten dodatkowy warunek jest konieczny dla wykluczenia występowania nieregularnego i obszarów utrzymujących niewielką liczbę ptaków (jako poziom minimum należy przyjąć 1% regionalnej lęgowej populacji gatunku lub 0,1% populacji biogeograficznej). Należy tu jednak zauważyć, że w dotychczasowej praktyce wyznaczania OSO w państwach UE, różne państwa odmiennie interpretowały termin „znaczący”.

C7 – inne kryteria ornitologiczne. Użycie tego kryterium jest ograniczone do proponowanych OSO lub do OSO wyselekcjonowanych podczas wykonywania krajowych inwentaryzacji ostoi. Kryterium to powinno być stosowane w sytuacjach wyjątkowych.