Kluczową sprawą zarówno przy weryfikacji już zaproponowanych obszarów jak i opracowywaniu nowych propozycji, jest zastosowanie odpowiednich kryteriów. Zgodnie z Dyrektywą Siedliskową podstawą kwalifikowania obszarów do sieci są załączniki I i II, czyli listy typów siedlisk i gatunków, których ochrona wymaga desygnowania takich obszarów. Natomiast w załączniku III tej dyrektywy podane są kryteria tej kwalifikacji. Pozwalają one ocenić czy obszar, na którym stwierdzono występowanie danego typu siedliska lub gatunku ma rzeczywiście istotne znaczenie dla jego zachowania (pkt. 1 A i 1 B Załącznika III DS). Inaczej mówiąc, pozwalają oszacować względną wartość wytypowanych obszarów w stosunku do krajowych zasobów każdego typu siedliska i gatunku. Nie są to kryteria łatwe do zastosowania w praktyce; część z nich odwołuje się bowiem do oceny specjalisty (best expert judgement), a więc obarczonej pewnym subiektywizmem.

W przypadku typów siedlisk przyrodniczych, najważniejszym kryterium jest reprezentatywność typu siedliska występującego na danym obszarze, czyli typowość jego wykształcenia zgodnie z wzorcem opisanym w Podręczniku Interpretacji Siedlisk Unii Europejskiej (Interpretation Manual of European Union Habitats; EUR 15 version of April 1996). W przypadku gatunków, najistotniejsza jest wielkość populacji obecnej na danym obszarze w stosunku do populacji w całym kraju. Negatywna ocena reprezentatywności siedliska lub ocena występowania gatunku na danym terenie jako "nieistotne" dyskwalifikuje od razu typ siedliska lub gatunek jako podstawę typowania obszaru.

Kolejne kryteria dla typów siedlisk odwołują się do powierzchni zajmowanej na danym obszarze w stosunku do powierzchni w całym kraju, jak również stanu zachowania struktury i funkcji (przy czym brana jest pod uwagę także możliwość restytucji). W przypadku gatunków rozpatrywane są: stopień izolacji danej populacji w stosunku do naturalnego zasięgu gatunku i stan zachowania cech siedliska, które są istotne dla gatunku i jego restytucji. Znaczenie powyższych kryteriów i sposób ich użycia opisano w Objaśnieniach do Standardowego Formularza Danych.
 
W wyniku zastosowania tych kryteriów obszar otrzymuje globalną ocenę wartości dla zachowania typu siedliska lub gatunku. Ocena ta uwzględnia również kilka dodatkowych czynników mogących mieć wpływ na to zachowanie (np. zagrożenia, status ochronny obszaru). Ocena może być "znakomita" (A), "dobra" (B) lub "znacząca" (C). Teoretycznie wszystkie obszary, które mają przynajmniej "znaczącą" wartość (C) dla zachowania typu siedliska lub gatunku z odpowiednich załączników DS mogą znaleźć się w sieci.

Oprócz omówionych powyżej szczegółowych kryteriów, osobnych dla typów siedlisk i gatunków (zapisanych w pkt. 1A i 1B Załącznika III DS), przy opracowaniu ostatecznej wersji listy proponowanych Specjalnych Obszarów Ochrony do przedłożenia Komisji Europejskiej należy wziąć pod uwagę następujące kryteria ogólne (zapisane w innych punktach Załącznika III DS i w różnych artykułach Dyrektywy):
Priorytetowy status siedliska lub gatunku (p. 1D, Załącznik III DS). W sieci muszą się znaleźć przede wszystkim obszary ważne dla zachowania priorytetowych siedlisk i gatunków, czyli takich, za których ochronę Wspólnota ponosi szczególną odpowiedzialność (zostały oznaczone w Załącznikach 8 i 10-14 gwiazdką i grubszym drukiem). Należy pamiętać, że nie każdy obszar zawierający priorytetowe siedlisko lub gatunek musi znaleźć się w sieci, jeśli w wyniku zastosowania kryteria szczegółowych okaże się, że nie ma on istotnego znaczenia dla ochrony tego siedliska lub gatunku.
Rzadkość i wysokie zagrożenie siedliska lub gatunku w kraju. Zasoby niektórych typów siedlisk z załącznika I DS i gatunków z załącznika II DS są jeszcze w Polsce bardzo duże. Jest jednak wśród nich wiele rzadkich i silnie zagrożonych siedlisk i gatunków. Uznano, że one również zasługują na szczególną uwagę. Selekcję tych gatunków oparto na aktualnych czerwonych księgach roślin i zwierząt (kategorie zagrożenia CR i EN, mniej niż 50 stanowisk w kraju), a siedlisk na znajomości ich rozmieszczenia w kraju.
Zasięg geograficzny typu siedliska lub gatunku (Art.1e i 1i DS). Utrzymanie geograficznego zasięgu typów siedlisk i gatunków jest konieczne dla zachowania ich tzw. sprzyjającego statusu ochrony. Dlatego też obszary wytypowane dla poszczególnych typów siedlisk i gatunków powinny odzwierciedlać ich rozmieszczenie kraju.
Szczególna odpowiedzialność kraju za zachowanie typu siedliska lub gatunku (Art. 3.2 DS). Każdy kraj członkowski ponosi szczególną odpowiedzialność za pewne typy siedlisk i gatunki z uwagi na to, że na jego terenie znajduje się znaczący procent europejskich zasobów tych siedlisk lub gatunków. Mogą to być niezwykle rzadkie, a nawet endemiczne siedliska lub gatunki, występujące tylko lub prawie wyłącznie w danym kraju, jak również gatunki lub siedliska rozmieszczone szeroko. Jeśli zasoby siedliska lub gatunku w dany kraju są proporcjonalnie znacznie większe niż w innych krajach członkowskich, wtedy liczba i powierzchnia obszarów wytypowanych dla tego siedliska lub gatunku powinna być proporcjonalnie większa.
Występowanie większej liczby typów siedlisk i/lub gatunków (Załącznik III DS; etap 2, pkt. 2d). Jeżeli ten sam obszar jest ważny dla zachowania większej liczby typów siedlisk i/lub siedlisk gatunków (minimum 3) podnosi to jego rangę, gdyż Dyrektywa Siedliskowa kładzie nacisk na ochronę bioróżnorodności. Są to z reguły stosunkowo duże obszary, gdyż liczba typów siedlisk i/lub gatunków jest w dużym stopniu funkcją wielkości obszaru na jakim występują. Należy przy tym podkreślić, że jeśli jakość pewnych typów siedlisk i populacji gatunków wymienionych w Dyrektywie i występujących na danym obszarze jest słaba (zgodnie z kryteriami załącznika III, etap 1), wówczas nie powinny być one wykazywane jako podstawa wytypowania obszaru i argument podnoszący rangę obszaru jako ważnego dla ochrony różnorodności biologicznej.
Położenie obszaru (Załącznik III DS; etap 2, pkt. 2b). Jeśli obszar położony jest na szlakach migracji gatunków z Załącznika II DS lub w strefie przygranicznej, stanowiąc część ekosystemu ciągnącego się po obu stronach granicy krajów członkowskich, podnosi to jego rangę.

Należy podkreślić, że wartość obszaru dla zachowania poszczególnych typów siedlisk i gatunków należy w pierwszym rzędzie oceniać przez pryzmat kryteriów szczegółowych (Załącznik III, etap 1), a dopiero później stosować kryteria ogólne. Warto pamiętać, że część spośród wymienionych kryteriów ogólnych, to kryteria którymi będzie się posługiwać Komisja Europejska przy ocenie znaczenia dla Wspólnoty obszarów z list krajowych. Jednak wcześniejsze ich zastosowanie przy opracowaniu listy krajowej wydaje się uzasadnione. Chodzi o to, żeby nie przedstawiać propozycji, które nie mają wielkich szans na zaakceptowanie jako Obszary o znaczeniu dla Wspólnoty.

Przyjęto, że wystarczającą podstawą do wytypowania obszaru jako Specjalnego Obszaru Ochrony jest spełnienie przez ten obszar jednego z kryteriów waloryzacyjnych. Kryteria waloryzacyjne opracowano na podstawie powyżej opisanych kryteriów szczegółowych i ogólnych.

Kryteria waloryzacyjne Specjalnych Obszarów Ochrony

K1 Występowanie przynajmniej jednego priorytetowego typu siedliska z zał. I DS, o ile nie zostało ono ocenione jako "występowanie w sposób nieistotny" (reprezentatywność - D)
K2 Występowanie przynajmniej jednego typu siedliska z zał. I DS, które w Polsce należą do najbardziej zagrożonych i o niewielkiej liczbie stanowisk (por. Załącznik 8), o ile nie zostało ono ocenione jako "występowanie w sposób nieistotny" (reprezentatywność - D).
K3  Występowanie przynajmniej jednego typu siedliska z zał. I DS, jeśli jego powierzchnia na obszarze w stosunku do powierzchni w kraju wynosi powyżej 2% (ocena A lub B).
K4  Występowanie przynajmniej jednego priorytetowego gatunku z zał. II DS, o ile nie zostało ono ocenione jako "występowanie w sposób nieistotny" (D - populacja nieistotna).
K5  Występowanie przynajmniej jednego gatunku z zał.II DS, które w Polsce należą do najbardziej zagrożonych i o niewielkiej liczbie stanowisk (poniżej 50), o ile nie zostało ono ocenione jako "występowanie w sposób nieistotny" (D - populacja nieistotna).
K6  Występowanie przynajmniej jednego gatunku z zał. II DS, jeśli jego liczebność na obszarze w stosunku do liczebności krajowej wynosi powyżej 2% (ocena A lub B).
K7  Występowanie przynajmniej jednego gatunku z zał. II DS, jeśli globalna ocena obszaru jest znakomita (A) lub dobra (B).
K8 Występowanie większej liczby typów siedlisk z zał. I DS lub/i gatunków z zał. II DS, jeśli globalna ocena obszaru dla każdego z nich jest znacząca (C).