Kryteria wyboru obszarów kwalifikujących się do zidentyfikowania jako obszary będące przedmiotem zainteresowania Wspólnoty i następnie wyznaczenia jako Specjalne Obszary Ochrony

ETAP 1: Ocena na szczeblu krajowym względnego znaczenia obszarów dla każdego z typów siedlisk naturalnych i każdego gatunku z załącznika II (w tym typów siedlisk i gatunków o pierwszorzędnym znaczeniu)

A. Kryteria oceny obszaru dla danego typu siedliska przyrodniczego z załącznika I,
a. stopień reprezentatywności typu siedliska przyrodniczego na danym obszarze,
b. powierzchnia obszaru pokryta przez siedlisko przyrodnicze danego typu w stosunku do całkowitej powierzchni pokrytej przez ten typ siedliska w obrębie terytorium państwa,
c. stopień zachowania struktury i funkcji siedliska przyrodniczego danego typu i możliwość ich odtworzenia,
d. globalna ocena wartości obszaru dla zachowania siedliska przyrodniczego danego typu.

B. Kryteria oceny obszaru dla danego gatunku z załącznika II
a. wielkość i zagęszczenie populacji gatunku żyjącej na danym obszarze w stosunku do populacji żyjącej w obrębie terytorium państwa,
b. poziom zachowania cech siedliska, które są ważne dla danego gatunku i możliwości ich odtworzenia,
c. stopień izolacji populacji żyjącej w obrębie obszaru w stosunku do naturalnego zasięgu gatunku,
d. globalna ocena wartości obszaru dla ochrony danego gatunku.

C. Na podstawie tych kryteriów, państwa członkowskie przygotują listy krajowe proponowanych obszarów ważnych dla Wspólnoty, zgodnie z ich relatywną wartością dla zachowania każdego z typów naturalnych siedlisk z załącznika I lub każdego gatunku z załącznika II.
Na tej liście zostaną wskazane obiekty zawierające priorytetowe typy naturalnych siedlisk i priorytetowe gatunki, wyselekcjonowane na podstawie powyższych kryteriów (ust. A i B).

ETAP 2: Ocena znaczenia obszarów zamieszczonych na listach krajowych dla Wspólnoty

1. Wszystkie proponowane przez państwa członkowskie obszary, które obejmują priorytetowe typy siedlisk i/lub priorytetowe gatunki, będą uważane za obiekty ważne dla Wspólnoty.
2. Ocena znaczenia dla Wspólnoty innych obszarów wymienionych na listach państw członkowskich, tj. ich znaczenia dla utrzymania lub przywrócenia pomyślnego stanu ochrony (favourable conservation status) siedliska przyrodniczego wymienionego w załączniku I lub gatunku wymienionego w załączniku II, i/lub ich znaczenia dla spójności sieci Natura 2000, będzie się opierać na następujących kryteriach:
a. względna wartość obszaru na szczeblu krajowym,
b. położenie geograficzne obszaru względem tras wędrówek gatunków wymienionych w załączniku II lub przynależność do ciągłego ekosystemu położonego po obu stronach jednej lub więcej granic wewnętrznych Wspólnoty,
c. całkowita powierzchnia obszaru,
d. liczba typów siedlisk przyrodniczych z załącznika I lub gatunków z załącznika II występujących na danym obszarze,
e. globalna wartość ekologiczna obszaru dla odpowiednich regionów biogeograficznych i dla całego terytorium Wspólnoty, w odniesieniu zarówno do charakterystyki unikatowych cech obszaru jak i ich kombinacji.