Rozmieszczenie
Siedlisko rozproszone jest na terenie całych Karpat. Centrum występowania z największą liczbą, a zarazem największymi jaskiniami, stanowią Tatry, gdzie odnotowano około 700 obiektów. W Beskidach z 630 znanych jaskiń, 338 występuje tylko w samym Beskidzie Śląskim. Z Pienin znanych jest około 80 jaskiń.

Charakterystyka
W regionie alpejskim jaskinie mogą mieć zróżnicowane pochodzenie. Powstają w wyniku procesów krasowych, czyli chemicznej korozji skał, głównie wapiennych (Tatry Zachodnie, Pieniny). Tworzą się także w trzeciorzędowych piaskowcach i łupkach fliszowych w wyniku procesów pseudo krasowych, przeważnie jako szczeliny skalne powiększone wskutek ruchów osuwiskowych, np. jaskinie tektoniczne znane z Beskidów i Tatr Wysokich, powstające wskutek ruchów tektonicznych działających na górotwór. Mogą być w części lub całkowicie wypełnione osadami, wodą, śniegiem lub lodem. Te naturalne próżnie skalne tworzą odrębne środowisko, charakteryzujące się właściwym mikroklimatem, swoistymi warunkami obiegu materii organicznej oraz specyficznym światem zwierzęcym.

Zagrożenia
Środowisko jaskiniowe jest szczególnie wrażliwe na destrukcję wskutek słabej zdolności do samoistnej naprawy. Głównym źródłem zagrożenia jest nadmierny ruch turystyczny. Przyczynia się do: zanieczyszczenia jaskiń materiałem biologicznym i innym nie ulegającym biologicznej degradacji, np. pochodzącym z tworzyw sztucznych; zmiany niektórych elementów konfiguracji korytarzy jaskiniowych; niepokojenia zwierząt (nietoperzy). Ponadto, może wpływać na mikroklimat jaskini. Zdarzające się akty wandalizmu, skutkują degradacją lub zniszczeniem środowiska jaskiniowego: niszczenie form naciekowych, pisanie na ścianach, palenie ognisk, użycie materiałów wybuchowych itp. Również jaskinie mogą być niszczone mechanicznie podczas eksploatacji kamieniołomów. Eksploatacja kamienia może mieć jednak także dodatni skutek, bowiem wiele jaskiń zostało otwartych i tym samym dostępnych dla człowieka w wyniku pracy kamieniołomów.

Stan ochrony 
Stan ochrony siedliska określa się jako właściwy FV, zarówno na poziomie regionu alpejskiego, jak i głównych terenów jego występowania, objętych ochroną w sieci Natura 2000.

Program ochrony
Dla ochrony jaskiń zaleca się:
• opracować sposób zabezpieczenia schronienia dla poszczególnych obiektów indywidualnie. Łatwiej dostępne jaskinie powinny być zabezpieczone kratami, w taki sposób, aby nie utrudniało to dostępu nietoperzom, a uniemożliwiało wtargnięcie do wnętrza osobom niepowołanym i nie zmieniało w istotny sposób mikroklimatu schronienia;
• ze względu na presję ludzi zainteresowanych jaskiniami, wyznaczyć opiekuna jaskini związanego ze środowiskiem działających na tym terenie klubów speleologów;
• ograniczyć dostęp do jaskiń w okresie zimowym, natomiast jaskinia o ile nie posiada innych walorów, np. bogatej szaty naciekowej, może zostać otwarta w okresie letnim.